Говорят, что Lagavulin появился на свет в 1817 г. на базе нескольких подпольных перегонных фабрик. В 1836 г. завод взял в лизинг Александр Грэм, продававший напитки с острова в собственном магазине в Глазго. Племянник партнера Грэма Питер Макки также был занят в этом бизнесе, пока не принялся за создание знаменитого купажа White Horse, основанного на солоде Айлея. Когда расположенный по соседству завод Laphroaig отказался поставлять его компоненты, он решил построить на земле Lagavulin, унаследованной после смерти дяди, завод Malt Mill Distillery. Malt Mill был разрушен в 60-е гг. XIX в., но Lagavulin скакал верхом на «Белой лошади» (White Horse) до тех пор, пока его символьная 16-летняя версия не легла в 1988 г. в основу коллекции Classic Malts.
Во время резкого спада спроса на скотч в 80-е гг. Lagavulin был переведен на двух- или трехдневную рабочую неделю. 16 лет спустя спрос возрос, и руководителям приходилось выкручиваться из проблем, связанной с нехваткой поставок для его удовлетворения. Когда-то это был лучше всего продававшийся виски Айлея; впоследствии недостаточные запасы отодвинули его на третье место после Laphroaig и Bowmore. Для того чтобы справиться с ростом спроса, завод пришлось переводить на семидневную неделю и оставлять все меньшую долю продукции на купажирование. Говорят, что более 85% виски Lagavulin разливается сегодня как односолодовый. Помимо основной линейки в последние годы были замечены выпущенные в ограниченной серии две версии большей выдержки - 25-летней и 30-летней. Обе очень редки, а 30-летний вообще встречается уже только у коллекционеров.